Centrum Genetyczne

Metoda jednostopniowa to najnowocześniejsza metoda szacowania wartości hodowlanej bydła. Jest to sposób szacowania wartości hodowlanych, w którym wszystkie zwierzęta są ocenione jednocześnie z użyciem wszystkich źródeł informacji. 

Metoda jednostopniowa (lub jednego kroku – z ang. single-step) została opracowana przez zespół naszego rodaka, prof. Ignacego Misztala, w 2009 roku na Uniwersytecie w Georgii w USA jako równanie matematyczne pozwalające na połączenie informacji rodowodowej z genomową. W kolejnych latach zespół prof. Misztala ulepszał metodę, tak by mogła uwzględnić w obliczeniach setki tysięcy zgenotypowanych zwierząt.

Ocena ta pozwala na jednoczesną ocenę zwierząt zgenotypowanych i niezgenotypowanych. Umożliwia połączenie wszystkich dostępnych źródeł informacji o zwierzęciu: fenotypowych obserwacji własnych (w przypadku samic) i pochodzących od krewnych, międzynarodowych ocen wartości hodowlanej buhajów, powiązań rodowodowych oraz informacji o genotypach zwierząt. Dla osobników zgenotypowanych możemy liczyć na zdecydowanie wyższą dokładność oceny. Z kolei wartości hodowlane dla osobników niezgenotypowanych będą charakteryzować się niższą dokładnością, chyba że są dostępne dla nich obserwacje własne lub obserwacje na wielu córkach. 

Metoda jednostopniowa pozwala na zwiększenie dokładności oceny, a zatem przyspieszenie postępu hodowlanego w polskiej populacji przy jednoczesnym ograniczeniu wpływu preselekcji buhajów na wyniki ich oceny. 

Nowoczesna metoda wprowadzana na świecie

Kolejne kraje przechodzą z dotychczas stosowanych metod szacowania oceny konwencjonalnej i genomowej wartości hodowlanej na nowoczesną, jednostopniową ocenę wartości hodowlanej. Metoda jednostopniowa została z powodzeniem wdrożona w takich krajach jak Francja, Holandia, Kanada, a prace nad jej wprowadzeniem trwają również w innych krajach zrzeszonych w spółdzielni EuroGenomics oraz w USA. 

O doświadczeniach związanych z tym procesem można było usłyszeć od prelegentów tegorocznego Forum Genetycznego. Nagranie z wykładu otwierającego VI Forum Genetyczne wygłoszone przez  prof. Ignacego Misztala można obejrzeć pod linkiem.

W Polsce już wdrożyliśmy ocenę jednostopniową 

W kwietniu 2024  roku do oficjalnej oceny wartości hodowlanej została włączona odporność na dermatitis digitalis. Do szacowania wartości hodowlanych użyto danych zebranych w ramach projektu “CGen korekcja” i  wykorzystano metodę jednostopniową. Mamy więc już roczne doświadczenie w wykorzystywaniu tej metodyki i publikowaniu wyników.

Podobnie w innych krajach tę metodę wdraża się najpierw dla nowych cech, a w kolejnym kroku przenosi się na nią  wszystkie oceniane cechy. Przykładem może być Kanada, która początkowo stosowała metodę jednostopniową tylko do oceny genetycznej nowych cech. Bogatsi o to doświadczenie mogli przystąpić do zmiany systemu i wdrożenia metody jednostopniowej dla wszystkich cech ocenianych w tym kraju. 

Aktualizacja systemu oceny – nie tylko metoda, ale też nowe definicje cech

Wdrażanie nowego systemu oceny pozwoliło na zastosowania zmian w modelach wynikających z zaleceń tzw. złotego standardu Spółdzielni EuroGenomics. Wytyczne te określają sposób edycji i filtrowania danych oraz listę efektów i sposób modelowania dla poszczególnych grup cech. 

Ponadto stało się okazją do poszerzenia zakresu ocenianych cech (opracowanie oceny dla dodatkowej cechy płodności czyli okresu usługi) oraz pozwoliło na aktualizację sposobu definiowania w odniesieniu do długowieczności. 

Potwierdzenie z Interbull 

Wyniki uzyskane z nowego systemu oceny jednostopniowej przeszły testy walidacyjne prowadzone przez Interbull dla wszystkich cech uwzględnianych w ocenie międzynarodowej. Ważną kwestią jest również wzrost zgodności oceny buhajów z oceną prowadzoną w innych krajach europejskich oraz USA i Kanadzie. Korelacje oszacowane przez Interbull w ramach testu wykazały, że nowy system oceny znacznie lepiej koreluje z oceną w innych krajach. Jest to bardzo ważne, gdyż wskazuje jednoznacznie, że ocena genetyczna buhajów na podstawie nowej krajowej oceny jednostopniowej jest bardziej zbieżna z oceną tych samych buhajów pochodzącą z oceny prowadzonej w krajach takich jak Niemcy, Francja, Holandia czy USA. 

Co zyskają Polscy hodowcy dzięki wprowadzeniu oceny jednostopniowej

Metoda jednostopniowa niesie ze sobą wiele korzyści, dla każdego hodowcy prowadzącego pracę hodowlaną w swoim stadzie. Podejmowane na jej podstawie decyzje będą trafniejsze, gdyż uzyskiwane wyniki będą wiarygodniejsze, będa obejmowały większą grupę zwierząt, które bedzie można łatwiej ze sobą porównywać.

• podnosi wiarygodność oceny wartości hodowlanej

Uzyskanie oceny o wyższej dokładności jest możliwe dzięki pełniejszemu wykorzystaniu wszystkich dostępnych danych o zwierzęciu i znacznemu uproszczeniu procesu szacowania wartości hodowlanej. Oznacza to niejako większe urealnienie uzyskiwanych dotychczas ocen bo wzrost wiarygodności to precyzyjniejsze zbliżenie się do rzeczywistego potencjału genetycznego zwierzęcia. Wartości hodowlane obliczone z dużą dokładnością są narażone na mniejsze ryzyko zmian w przyszłości, pewne wahania mogą się zdarzać, rzecz jasna, i dobrze się z nimi liczyć, podejmując decyzje hodowlane.

• ujednolica metodykę uzyskiwania wyników dla zwierząt o różnym zakresie dostępnych informacji (o różnych typach oceny w dotychczasowym systemie)

Ujednolicenie metodyki także przekłada się na większą stabilność oceny w czasie. Przy stosowaniu oceny konwencjonalnej i genomowej obserwujemy większą niż przeciętnie zmianę pomiędzy sezonami, w których zmienia się typ oceny zwierzęcia. Po wdrożeniu metody jednostopniowej ocena dla zwierzęcia będzie pochodziła z tego samego systemu niezależnie od tego jakie źródła informacji będą dla danej sztuki dostępne. Oczywiście dokładność oceny  będzie się zmieniała wraz z dochodzeniem kolejnych danych o zwierzęciu, ale nie będzie skoku związanego ze zmianą metody obliczeniowej.

Kolejną przewagą jednolitego systemu oceny jest łatwiejsze porównywanie zwierząt o różnych typach oceny pomiędzy sobą. Ponieważ dla każdego zwierzęcia  wynik będzie uzyskiwany w ten sam sposób to będzie można je zestawiać we wspólnych rankingach znacznie skuteczniej niż dotychczas.

• pozwala na uzyskanie wyników dla większej liczby zwierząt

Objęcie jednym systemem oceny zwierząt o różnym zakresie dostępnych informacji powoduje, że możliwe jest uzyskanie praktycznie kompletu wyników dla każdego z nich. Należy pamiętać, że będą występowały różnice w dokładności uzyskanych wartości hodowlanych, ale będą one wystarczające by policzyć wartość indeksu selekcyjnego dla większej grupy zwierząt niż dotychczas. 

1 dzień do publikacji.
Czy wiesz, że ponad 45% córek pochodzących od 10% najgorszych buhajów chorowało na dermatitis digitalis (DD) w pierwszej laktacji? W przypadku 10% najlepszych buhajów jedynie 19% córek miało zarejestrowanych tę chorobę. To oznacza ponad dwukrotnie mniej zachorowań wśród córek pochodzących od najlepszych buhajów w porównaniu z córkami pochodzącymi od najgorszych buhajów.

Nasze odliczanie dobiega końca, jutro wielki dzień, bądźcie z nami w tej ważnej chwili i sprawdzajcie wartości hodowlane swoich zwierząt dla odporności na DD!
Przy tej okazji zapraszamy wszystkich chętnych Hodowców do współpracy w ramach projektu CGen korekcja.

5 dni do publikacji.
Czy wiesz, że w ramach projektu CGen korekcja zgromadzono obserwacje fenotypowe pochodzące od ponad 100 tys. krów? To dzięki hodowcom i korektorom, którzy przyłączyli się do projektu, mogliśmy zgromadzić taką ilość danych do analiz. Jak często mawia prof. Mike Coffey, brytyjski specjalista z zakresu hodowli bydła, „w dobie ery genomowej króluje fenotyp”, co oznacza, że odpowiedni pomiar i rejestrowanie informacji o cechach ma kluczowe znaczenie dla prawidłowego funkcjonowania selekcji genomowej.

6 dni do publikacji.
Czy wiesz, że najnowsza metoda szacowania wartości hodowlanej pozwala na jednoczesne włączenie do obliczeń informacji rodowodowej, fenotypowej i genomowej? Dzięki temu wszystkie zwierzęta są ocenione z jednoczesnym użyciem wszystkich źródeł informacji. Nazwa — metoda jednego kroku — określa nowy, prostszy sposób szacowania wartości hodowlanej. Dotychczas genomowa wartość hodowlana w Polsce jest szacowana z wykorzystaniem metody, która wymaga dwóch etapów obliczeń.

7 dni do publikacji.
Czy wiesz, że populacja referencyjna dla odporności na dermatitis digitalis (DD) przekroczyła 10 tys. krów z fenotypem i genotypem? W przypadku szacowania genomowej wartości hodowlanej, kluczowe jest stworzenie dużej puli zwierząt, dla których jesteśmy w stanie powiązać obserwowany fenotyp z informacją genomową. Tylko wtedy będziemy mogli ocenić zwierzęta z wystarczająco dobrą dokładnością. Beneficjentem oceny genomowej są stada, które genotypują jałówki. Jeśli stada te uczestniczą również w projekcie CGen korekcja, to zgenotypowane samice od pierwszej laktacji dołączą do populacji referencyjnej dla tej cechy.

8 dni do publikacji.
Czy wiesz, że ponad 40% wszystkich zgłoszeń wprowadzonych do aplikacji CGen korekcja przez korektorów racic dotyczy dermatitis digitalis (DD)? Jest to najpowszechniejsza choroba racic rejestrowana w Polsce.
Przy tej okazji zachęcamy do zapoznania się z ciekawym artykułem dotyczącym kąpieli racic: https://holstein.pl/efektywne-kapiele-racic/

9 dni do publikacji.
Czy wiesz, że odziedziczalność odporności na dermatitis digitalis (DD) wynosi blisko 7% i jest w granicach odziedziczalności cechy ocenianej w innych krajach, w tym członków Spółdzielni EuroGenomics? Kraje te z powodzeniem wdrożyły ocenę dla tej cechy i obserwują już pierwsze efekty.°C

Hodowco!
Rozpoczynamy wielkie odliczanie do pierwszej publikacji oceny jednostopniowej dla dermatitis digitalis, nowej cechy zdrowotności racic, która od kwietnia 2024 będzie publikowana rutynowo. Śledź naszą stronę internetową i media społecznościowe, ponieważ w nadchodzących dniach będziemy publikować wiele ciekawych informacji dotyczących tej cechy.

Ocena jednostopniowa to nowa odsłona genomowej oceny wartości hodowlanej, dzięki której możemy uwzględnić jednocześnie wiele źródeł informacji.

Dotychczas ocena wartości hodowlanej była prowadzona w oparciu o obserwacje zwierząt oraz o spokrewnienia rodowodowe. Osobno dla osobników zgenotypowanych prowadzono genomową ocenę wartości hodowlanej. Nowy system pozwoli na uzyskanie jednolitej i spójnej oceny wartości hodowlanej zarówno dla osobników zgenotypowanych, jak i dla tych, które nie posiadają informacji o genotypie.

Skorzystają wszystkie osobniki dlatego, że nowy system zapewnia wzrost dokładności oceny. Oczywiście najwyższą dokładność uzyskają osobniki zgenotypowane, dlatego warto już teraz zapoznać się z możliwościami, jakie daje genotypowanie jałówek i krów! Wszystkie osobniki, niezależnie kiedy pozyskany będzie ich genotyp, otrzymają ocenę wartości hodowlanej z nowego systemu.