Genotypy zwierząt powinny zostać dostarczone w formacie Illumina FinalReport zawierającym następujące kolumny rozdzielone znakiem tabulacji:
- SNP Name
- Sample ID
- Allele1 – Top
- Allele2 – Top
- Allele1 – AB
- Allele2 – AB
- GC Score (pole opcjonalne)
- GT Score (pole opcjonalne)
Przykładowy fragment pliku z genotypami:
[Header]
GSGT Version 1.9.4
Processing Date 2/1/2016 10:56 AM
Content bovinesnp50_v2_c.bpm
Num SNPs 54609
Total SNPs 54609
Num Samples 192
Total Samples 192
[Data]
| SNP Name | Sample ID | Allele1 - Top | Allele2 - Top | Allele1 - AB | Allele2 - AB | GC Score | GT Score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ARS-BFGL-BAC-10172 | PL001111111111 | G | G | B | B | 0.9506 | 0.8869 |
| ARS-BFGL-BAC-1020 | PL001111111111 | G | G | B | B | 0.9673 | 0.8129 |
| ARS-BFGL-BAC-10245 | PL001111111111 | A | G | A | B | 0.6808 | 0.7931 |
| ARS-BFGL-BAC-10345 | PL001111111111 | A | A | A | A | 0.9276 | 0.7642 |
UWAGI:
• brak danych dla danego markera SNP należy oznaczyć jako „-”,
• minimalny call rate osobnika powinien wynosić 0.95,
• dla każdego rodzaju mikromacierzy należy zapisać osobny plik.