Jednostopniowa ocena wartości hodowlanej odporności na dermatitis digitalis (DD)

Gdzie można odnaleźć wyniki

Wyniki wartości hodowlanej dla DD są widoczne w karcie zwierzęcia w liście rozwijanej z belki o nazwie „Zdrowotność racic”. W ramach tej grupy cech będzie wyświetlana pierwsza – Dermatitis digitalis. W przyszłości będziemy dodawać kolejne cechy związane ze zdrowotnością racic, dla których będzie przygotowywana ocena wartości hodowlanej.

Tak jak w przypadku pozostałych cech, w karcie buhaja będą wyświetlane następujące informacje: 

• Ocena: typ oceny; w przypadku oceny jednostopniowej będzie to skrót ssGEBV
• WH: standaryzowana wartość hodowlana 
• Dokładność: dokładność oceny
• Liczba córek
• Liczba obór

W przypadku braku wartości hodowlanej dla DD kolor belki będzie żółty.

W przypadku samic będą wyświetlane: Ocena, WH i Dokładność.

Kryteria publikacji oceny

Ocenę wartości hodowlanej może uzyskać zwierzę należące do jednej z 6 grup: 

Samice:

• krowy z zarejestrowanymi obserwacjami
• krowy zgenotypowane bez obserwacji
• jałówki zgenotypowane

Samce:

• buhaje mające córki z obserwacjami
• buhaje zgenotypowane bez córek
• młode buhajki zgenotypowane

Wartości hodowlane z oceny jednostopniowej publikowane są w oparciu o dokładność oceny dla poszczególnych zwierząt (z ww. grup). W przypadku odporności na dermatitis digtalis, minimalny poziom dokładności dla samic wynosi 0,15, a dla samców 0,35. Dodatkowo zwierzę musi:

• należeć do rasy polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej (odmiany czarno-białej lub czerwono-białej)
• mieć znaną informację rodowodową
• mieć znaną wartość hodowlaną dla wydajności mleka

Opis danych oraz metodyki

Dane fenotypowe

Dane dotyczące zdrowotności racic są zbierane w ramach projektu CGen korekcja, który jest prowadzony przez Polską Federację Hodowców Bydła i Producentów Mleka. Podczas przeprowadzania korekcji racic, korektor wprowadza obserwacje do aplikacji CGen korekcja. Dane zbierane są podczas wizyty korektora w stadzie, które przyłączyło się do projektu CGen korekcja i wyraziło zgodę na udostępnienie rekordów pochodzących z korekcji.

Korektor w trakcie przeprowadzanej korekcji rozpoznaje schorzenie zgodnie z Atlasem Zdrowia Racic ICAR. W przypadku rozpoznania DD nanoszona jest informacja o fazie schorzenia zgodnie z wytycznymi opisanymi w załączniku 1 do Atlasu Zdrowia Racic ICAR:

• M1  – wczesne stadium zaawansowania schorzenia
• M2 – aktywna zmiana
• M3 – zdrowienie
• M4 – chroniczna zmiana
• M4.1 – zmiana chroniczna i dodatkowa zmiana aktywna we wczesnym stadium zaawansowania

Dane fenotypowe włączone do szacowania wartości hodowlanej zostają poddane edycji zgodnie z wytycznymi Złotego Standardu Spółdzielni Eurogenomics. Wytyczne te określają sposób edycji i filtrowania danych oraz listę efektów i sposób modelowania, dostosowany do możliwości danego kraju.

Filtracja danych

Do głównych filtrów zaliczamy: 

• czas pracy korektora w projekcie – czas pracy korektora w projekcie to minimalny czas potrzebny na wdrożenie, po którym uznajemy, że korektor potrafi poprawnie wprowadzać dane do aplikacji oraz przeszedł szkolenie z rozpoznawania chorób zgodnie z atlasem ICAR. Dla wszystkich korektorów tzw. „czas rozgrzewki” w projekcie wynosi 6 miesięcy od daty pierwszej rejestracji w aplikacji. Oznacza to, że rekordy zarejestrowane we wczesnej fazie uczestnictwa korektora w projekcie nie są brane pod uwagę, jako te o najwyższym ryzyku błędu w rozpoznaniu lub rejestracji. 
• procent krów poddanych korekcji w danym stadzie w danym roku – określony został na poziomie min. 60% sztuk w stadzie, dla których wykonano min. jeden próbny udój w danym roku w tym stadzie. Oznacza to, że większość stada w danym roku została poddana chociaż raz korekcji, co stanowi dobrą grupę porównawczą do analizowania występowania danego schorzenia.
• procent krów poddanych korekcji w danym stadzie w danym roku przez danego korektora – podobny do poprzedniego, jednak w odniesieniu do korektora. W tym przypadku min. 5% krów w danym stadzie w danym roku musi być poddane korekcji przez danego korektora. Dzięki temu kryterium odrzucamy obserwacje, w których korektor wykonywał jedynie korekcje interwencyjne w stadzie w małych grupach. Nie stanowi to dobrej grupy porównawczej, gdyż nie można wskazać tych o większej lub mniejszej odporności.
• homogeniczność wizyt – oznacza to, że jeśli wszystkie krowy w wizycie są chore na jakąkolwiek z rejestrowanych chorób, to wizyta taka zostaje usunięta z analiz, ponieważ nie można odnieść zaobserwowanego fenotypu do zdrowego zwierzęcia z tego stada. 

Obserwacje są gromadzone od krów w laktacjach 1, 2 i 3+. Ocena genomowa jest przeprowadzana dla bydła rasy polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej odmiany czarno-białej i czerwono-białej. Do obserwacji przyłącza się również inne dane: pełen krajowy numer zwierzęcia (nie tylko numer oborowy), informacja o rasie, dacie urodzenia, dacie wycielenia krowy, dniach danej laktacji oraz próbnych dojach wykonanych w stadzie. Te informacje pozwalają na przygotowanie danych, na podstawie których jest szacowana wartość hodowlana.

Odziedziczalność cechy

Odziedziczalność odporności na dermatitis digitalis w polskiej populacji wynosi 0,07. Odziedziczalność oszacowana dla polskiej populacji mieści się w granicach 0,05-0,12 odziedziczalności tej cechy opublikowanej w innych krajach, także w krajach członkowskich Spółdzielni EuroGenomics. 

Dane genomowe

Do szacowania wartości hodowlanej włącza się informację genomową o zwierzęciu w postaci polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (ang. Single Nucleotide Polymorphisms – SNP). Dane genomowe poddaje się standardowej kontroli jakości w celu odrzucenia tych najmniej informatywnych dla oceny. Zastosowana następujące kryteria filtrowania:

• wskaźnik rozpoznań dla próbki lub zwierzęcia musi wynosić powyżej 90%
• frekwencja rzadszego allelu wynosi więcej niż 5%
• monomorficzne SNP-y zostają odrzucone jako nieinformatywne. 

Metoda

Do szacowania wartości hodowlanej dla dermatitis digitalis użyto metody jednostopniowej (ang. Single-step method). Metoda ta jest rozwinięciem klasycznej metody BLUP o informację genomową. Metoda pozwala w ramach jednych obliczeń włączyć jednocześnie trzy źródła informacji o zwierzęciu: dane fenotypowe, genomowe i rodowodowe. Metoda jednostopniowa pozwala na zwiększenie dokładności oceny oraz ograniczenie wpływu preselekcji buhajów na wyniki ich oceny. To najnowsza metoda szacowania wartości hodowlanej z użyciem informacji genomowej, z powodzeniem wdrażana w wielu krajach na świecie do oceny wartości hodowlanej bydła mlecznego.

Model

Wartości hodowlane są szacowane metodą jednostopniową: model jednocechowy – trzy laktacyjny. Ocena genomowa zdrowotności racic jest wykonywana zgodnie z wytycznymi Spółdzielni EuroGenomics. Wytyczne te określają sposób edycji i filtrowania danych oraz listę efektów i sposób modelowania. Do modelu liniowego włącza się następujące efekty:

• stałe 
  • wiek wycielenia * rok obserwacji 
  • wizyta
  • korektor * rok obserwacji
  • faza laktacji * rok obserwacji
  • miesiąc wycielenia * rok wycielenia

• losowe
  • genetyczny addytywny zwierzęcia
  • środowiskowy trwały

Baza genetyczna

Jako bazę genetyczną przyjęto średnią wartość hodowlaną buhajów urodzonych w latach 2009-2011, ocenionych na podstawie co najmniej 10 córek z obserwacjami.

Wartość hodowlana

Wartości hodowlane wyrażono jako odchylenia od średniej bazy genetycznej, a następnie przekształcono na zmienną o średniej 100 i odchyleniu standardowym 10. Wyższa wartość hodowlana oznacza wyższy potencjał genetyczny dla odporności zwierzęcia na dermatitis digitalis. 

Dokładność jednostopniowej oceny wartości hodowlanej (ssGEBV)

Dokładność (powtarzalność) oceny obliczono przy pomocy aproksymacji elementów diagonalnej macierzy z metody jednostopniowej (ssGBLUP). Kryteria publikacji oceny opisano na początku tego materiału.

Przydatne materiały

Atras Zdrowia Racic ICAR

https://www.icar.org/wp-content/uploads/2016/04/Polish-translation-of-the-ICAR-Claw-Health-Atlas.pdf

Szczegółowy opis stadiów zaawansowania DD

https://www.icar.org/ICAR-Claw-Health-Atlas-Appendix-1-DD-stages-M-stages.pdf

Strona internetowa Spółdzielni EuroGenomics

https://www.eurogenomics.com/

Artykuł: „Czekamy na Wiosnę – Ocena genomowa zdrowotności racic już w kwietniu 2024”.

https://holstein.pl/czekamy-na-wiosne-ocena-genomowa-zdrowotnosci-racic-juz-w-kwietniu-2024/

Materiały Konferencyjne z XXIX Szkoły Zimowej Hodowców Bydła, 26-29.02.2024, Zakopane

Referat: „Ocena genomowa zdrowotności racic w Polsce”.

https://szkolazimowa.urk.edu.pl/zasoby/124/2024-Ebook.pdf#page=32&zoom=auto,-158,842